Rövid kórháztörténet:
I. Lipót szabadságlevelet adott ki 1696. dec. 24-én, melyben Baját szabadalmazott kamarai mezővárossá nyilvánította. Ugyanekkor a városnak címerpajzsot is adományozott, mely a tudás fáját ábrázolja az első emberpárral és a kígyóval. (Ma is ez a város címere). A várossá nyilvánítás töretlen fejlődést indított el és a XVIII. sz. végén felmerült a szükségessége egy egészségügyi- szociális intézménynek. A lélekszám növekedésével párhuzamosan emelkedett az öregek, munkaképtelenek és betegek száma is. A fellelhető irattári anyagok bizonyítják, hogy 1793. elején megkezdték kórházunk építését, és 1795. aug. 10-ig be is fejezték.
Az 1840-es tűzvész után újjáépített kórház már nem felelt meg a kor követelményeinek, ezért új kórház építéséről határozott a város vezetősége. 1903-ban állt az új kórház 5 új épülettel, 200 ággyal. A második világháború idején 9 fekvőbeteg osztályunk volt 643 ággyal. Több kisebb – nagyobb pavilon építése után kiemelkedik a sebészeti pavilon építése, mely 1973-ban kezdődött és 1977-ben került átadásra, ekkor 1014 ágyas a kórház. Az 1971-ben épült belgyógyászati pavilont 1979-ben kibővítettük még egy épülettel, így beköltözhetett Bácsalmásról a kihelyezett belgyógyászat II. osztály.
1990-ben megépült az új diagnosztikai pavilon, mely nemcsak
építészetileg de műszerezettség szempontjából is kiemelkedő volt kórházunk
történetében.
2004-ben átadásra került az új műtőblokk, mely a legmodernebb
technikával felszerelve biztosítja a műtéti, sterilizálási feltételeket,
valamint az intenzív osztály működését.
2005/2007-ben megtörtént a sebészeti épület hotel rekonstrukciója
(valamennyi szobához fürdőszoba jár) és megújultak a rendelők.
2007-ben kialakították a mozgásszervi rehabilitációs osztályt.
2009. november 12-én új nevet kapott az intézmény a dolgozók és dr.Tóth Gábor főigazgató főorvos kezdeményezésére, a városi képviselő-testület egyhangú támogatásával. Az ünnepélyes avatón a négy történelmi egyház képviselői megáldották, megszentelték a Bajai Szent Rókus Kórház épületeit.
2012. május 1-től valamennyi önkormányzati fenntartású kórház, így a Bajai Szent Rókus Kórház is állami kézbe került. A tulajdonost a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézet képviseli.
A több mint 100 éves kórházban bruttó 10.000 négyzetméteren felépült a belgyógyászati pavilon, a fekvőbeteg ellátásra használt kórtermek 95%-a fürdőszobás. Az épületet 2014 szeptemberében adták át. Az ünnepségen a Bajai Szent Rókus Kórház főigazgatója, dr. Tóth Gábor örömmel hangsúlyozta: a rendszerváltás óta a legnagyobb beruházás készült el mintegy 4 milliárd forintos fejlesztéssel. A környéken 150 ezer ember egészségügyi ellátását javítja a megépült gyönyörű, korszerű belgyógyászati épület. Ez mérföldkő az intézmény történetében. Az új tömbben kapott helyet a belgyógyászat, a nőgyógyászat, a neurológia, a szülészet, a gyermekosztály és a stroke-centrum is, utóbbinak az utógondozásban is fontos szerep jut. Az alagsorban a patológia és az egynapos sebészet működik.
2015-ben pedig 1,3 milliárd forintot nyertek a sürgősségi betegellátó átépítésére és műszerfejlesztésre. Tavaly decemberben felavatták a kórházi kápolnát is, két magánszemély felajánlása révén. Az országban egyedüliként mind a négy történelmi egyház megáldotta.
Összességében az elmúlt 6 évben 6 milliárd forintos fejlesztés valósult meg a Bajai Szent Rókus Kórházban.